Fast alle Wälder in Mitteleuropa werden forstwirtschaftlich genutzt. Die Entnahme von Bäumen für die Holzgewinnung sorgt zwangsläufig dafür, dass es vergleichsweise wenige alte Bäume gibt. Doch gerade alte Bäume besitzen viel Totholz, Spechte haben in ihnen Höhlen gebaut und die Zeit hat Narben und damit verschiedenste Strukturen hinterlassen. Wenn ein Baum schließlich stirbt, ist er noch lange nicht tot. Denn dann erwacht das Leben in ihm erst so richtig. Unzählige Pilze und Insekten arbeiten sich durch das Holz, Vögel nutzen Höhlen und Löcher als Brutplatz oder ernähren sich von den Insekten. Fällt der Baum zu Boden, können sich Feuersalamander und andere Tiere in und unter ihm verstecken. Das morsche Holz speichert große Mengen an Wasser und gibt es langsam wieder ab. Nach und nach wird der Baum von allelei Lebewesen zersetzt und seine Nährstoffe dem Boden zurück gegeben. Alte Bäume und Totholz sind deshalb ein unverzichtbarer Bestandteil des Ökosystems.
Deshalb ist es wichtig, solche als Biotop dienende Bäume zu erhalten. Das gelingt am besten durch eine Biotopbaumkartierung. Im ersten Schritt werden alle ökologisch besonders interessanten Bäume im Bestand ausgewählt. Dann wird ihre Position mittels GPS in einer Karte eingetragen und mit weiteren Eckdaten (Baumart, Größe, Biotopform...) versehen. Es bietet sich an, diese Bäume gut sichtbar, aber dennoch dezent zu markieren, damit sie bei der nächsten Forstmaßnahme geschont werden. Die Daten werden im Anschluss digitalisiert, aufbereitet und ausgewertet. So stehen sie schließlich als georeferenzierte Datenbank zur Verfügung. Die Daten dienen anschließend als Grundlage, um die Entwicklung der Biotopbäume weiter verfolgen zu können und um zukünftige Maßnahmen zu planen.
Totholz stellt zudem eine Gefahr für Waldarbeiter dar, denn Äste können leicht abbrechen und tote Bäume umkippen, was schnell lebensgefährlich sein kann. Sind die Standorte von Totholz und ähnlichen Bäumen jedoch bekannt, kann bei Forstarbeiten im Vorfeld auf die Gefahrenpunkte hingewiesen werden. Eine Biotopbaumkartierung dient somit nicht nur dem Natur- und Artenschutz, sondern auch der Sicherheit im Wald.